と畜場に運び込まれた牛すべてに対して病気の有無を調べる生体検査が行われます。 続けて、解体後に内臓や枝肉などに異常がないか解体後検査を行います｡ 少しでも異常が疑われる場合は、細菌学的、理化学的および病理学的な精密検査を実施します。 検査に不合格となった肉は廃棄処分されます。

BSEとは牛海綿状脳症といい、牛の脳の中に空洞ができ、スポンジ（海綿）状になる病気です。
食肉処理される月齢４８ヵ月超の牛すべてに検査が実施されています。

食肉センターでは、入荷したすべての牛について、放射性セシウムの検査が実施されています。